故事讲述了花仙魔法使夏安安为了拯救家园而来到拉贝尔大陆，最终借助精灵们的力量击败黑暗魔神的故事。
《小花仙大电影：奇迹少女》是国产动画《小花仙》的剧场版，衔接着《小花仙》第二部的剧情，诉说着《小花仙》中一段神秘的过往。这次故事发生在拉贝尔大陆，讲述了夏安安借助花仙精灵王们的力量，与伙伴们一起打败黑暗魔神的事迹。
来自地球的花仙魔法使者夏安安（CV:醋醋）跟随傲娇小王子库库鲁（CV:冯骏骅）肩负使命来到了世界海的尽头，传说中的花之国度——拉贝尔大陆，试图解除黑暗魔神侵袭的危机。不料与此同时，宿敌迷之王子塔巴斯（CV:谢天添）回到了邪恶女神雅加的身边，抢走了夏安安辛苦集齐的所有花仙精灵王，并把安安最要好的三位同学黑化成了暗黑魔女。曾经的美好都已化为邪恶，曾经的朋友也与自己成为敌人！在灾难面前，似乎一切都毫无胜算！那么这场冒险之旅凶吉几何，地球家园又将由谁来拯救？古灵仙族、勇气古堡、风沙王国，一幕幕美丽画卷逐渐打开；西蒙（CV:黑石稔）爱德文（CV:沈达威）、曼陀罗王子（CV:夏磊），一系列知名角色悉数登场，正邪大战一触即发，纯粹之心能否经得住黑暗魔神的考验？花之国度的灾难能否就此终结？